A sejtek képesek funkcióikat dinamikusan módosítani a belső és külső ingerekre adott válaszként. Ennek az alkalmazkodóképességnek az egyik kulcsmechanizmusa a transzkripciós szabályozás, amely meghatározza, hogy egy adott sejttípusban és mikrokörnyezetben mely gének fejeződnek ki. A Széles Lajos által vezetett kutatócsoport a transzkripciós szabályozás megértésére összpontosít globális funkcionális genomikai módszerek alkalmazásával, mint például: ChIP-seq, RNA-seq, ATAC-seq. Ezeket a módszereket a következők feltérképezésére használják: transzkripciós faktorok és kofaktorok kötőhelyei, hisztonmódosítások, génexpressziós változások, és kromatin hozzáférhetősége.
A kapott adatokat bioinformatikai elemzésekkel és gépi tanulási megközelítésekkel integrálják annak érdekében, hogy szabályozási mintázatokat és prediktív jellemzőket azonosítsanak. A kísérleti rendszerek közé tartoznak: sejtvonalak, ex vivo rendszerek, valamint primer humán és egér immunsejtek, például dendritikus sejtek, makrofágok és más immunsejttípusok.
A kutatócsoport kulcsfontosságú transzkripciós faktorokat vizsgál, többek között: nukleáris hormonreceptorokat (pl. VDR, RAR, RXR, ER), interferon szabályozó faktorokat (IRF-ek), valamint az antivirális és gyulladásos válaszok központi szabályozóit, beleértve a STAT, NF-κB és AP-1 család tagjait.